檔案密集架因其存儲量大、節省空間、使用方便而廣受檔案管理部分的喜愛，她緩解了檔案存儲庫房空間緊張的問題，改善了檔案存儲保護的環境。但是，由于密集架是檔案裝具領域的新秀產品，很多檔案室的建設并不是為密集架量身定做的，這就為后期的檔案保護工作帶來很多問題。
一、庫房密閉程度差，不利于庫房防護措施的建設。很多檔案密集架庫房都不是提前設計規劃好的，是在原有的檔案室基礎上改造的，沒有對門窗進行改造，密閉性比較差。直接在里面安裝密集架，對于方面防塵、防光、防蟲鼠都有很大的問題，特別是密集架庫房內干濕度的控制，很難管理。
二、很多密集架庫房放在一樓，濕氣大。局限于樓房的承重能力問題，再加上密集架自身的重量較大，大多數單位的密集架庫房都建設在一樓。這種情況下，如果地面沒有做防水處理，密集架庫房就很容易濕度超標。
三、檔案密集架中一旦出現污染之后，很容易大面積擴散。如果不是全封閉式密集架或門板側板不全，密集架內部是很容易出現大面積蟲蝕、霉變，一旦其中某一部分被蟲鼠侵蝕，其他部分會在短時間內被污染。或者是一些盛放氣體的密集架，如果出現氣體泄漏，污染是很難控制的，會通過密封不好的庫房穿到外面。
關于建在一樓的密集架庫房濕度很難控制，但是關于密集架自身的功能還是可以解決的。花都密集架自帶防塵、防鼠、防光等功能，密集架自身的密封性較好，如果是特殊存放，還可以選擇全封閉密集架，減少內部污染的出現。
